北京三九药业有限公司前身是于一九七二年成立的北京市东风制药厂，一九九七年由三九企业集团兼并重组后更名为北京三九万东药业有限责任公司，二零零二年搬迁至中关村科技园昌平园区后，更名为北京三九药业有限公司，经过三十多年的发展，确立了在医药和保健品行业的领先地位。

经过一年多的搬迁新建和生产试运行，公司与二零零三年十月三十日通过GMP认证，并于十一月十一日获颁《药品GMP证书》。

　　 公司现有一个口服液制剂车间和两个固体制剂车间，口服液制剂车间采用全套德国进口的口服液生产线、固体制剂车间采用国内领先的固体制剂生产线。专业技术人员占员工总数的37%，所有人员均接受了GMP培训并经过严格的考核。先进的生产设备、强大的技术力量和严格的生产管理保证了公司产品的质量。

　　 做为一个中西医药相结合的制药企业，公司现有品种134个，其中在国家基本用药目录中有30个品种，保险用药目录54个品种，公费医疗用药20个品种，OTC类药品十余种。

　　 通过GMP认证的产品线包括片剂（含头孢菌素类）、胶囊剂（含头孢菌素类）、颗粒剂（含头孢菌素类）、散剂、合剂（含口服液）、糖浆剂、口服溶液剂。年生产能力为片剂3亿片、胶囊2亿粒、颗粒3千万袋、口服液5千万支（瓶）。

　　 主要产品有人参蜂王浆（保健食品）、小儿氨酚黄那敏颗粒（库克）、盐酸黄酮哌酯片（渡洛捷）、头孢菌素类（爱美洛）（头孢拉定胶囊、头孢氨苄片、头孢氨苄胶囊、头孢氨苄甲氧苄啶胶囊）、清热解毒口服液、甘露聚糖肽口服液（贝亚宁）、小儿腹泻宁糖浆、磷霉素钙甲氧苄啶胶囊（君捷亭）等。